Jednym z głównych elementów tworzonego systemu PROTEUS będzie Mobilne Centrum Dowodzenia (MCD). Centrum to ma za zadanie przewyższać swoją funkcjonalnością, automatyzacją i nowoczesnością dotychczas wykorzystywane przez sztaby kryzysowe i nie tylko centra dowodzenia. W projektowanym MCD zostaną opracowane, zaimplementowane i przetestowane następujące rozwiązania:

• samochód pozwalający na rozwinięcie w rejonie akcji nowoczesnego, w pełni autonomicznego stanowiska dowodzenia;
• system ekspertski, wielokryterialnie analizujący sytuację kryzysową i przedstawiający operatorom i kierującym akcją listę możliwych scenariuszy rozwiązania problemu;
• Rozwiązania informatyczne zapewniające kierującemu działaniami najlepszą możliwą ocenę sytuacji, włącznie z elementami wirtualnej rzeczywistości;
• Wspomaganie podejmowania decyzji przez dostęp do zewnętrznych baz danych i systemy eksperckie ułatwiające ocenę i prognozowanie rozwoju sytuacji;
• Systemy łączności i wymiany informacji zapewniające efektywną współpracę z różnych służb oraz komunikację ze stacjonarnymi stanowiskami kierowania;

W rezultacie projektowane centrum dowodzenia stanowić będzie nowoczesny mobilny rozproszony system gromadzenia i dystrybucji, stanowiący integralny element złożonego systemu, o unikalnej w skali europejskiej funkcjonalności.